Hr. Peabody er sådan cirka verdens klogeste.. Han er både videnskabsmand, opfinder og OL-vinder. Og så er han en hund! Sammen med sin adopterede søn Sherman rejser Hr. Peabody tilbage i historien ved hjælp af den WABAC-tidsmaskine han har skabt. De vil tilbage for at opleve fx renæssancen, Egypten og det antikke Grækenland.
Men da Sherman, uden tilladelse, tager en pige ved navn Patty med på en tidsrejse, bliver Hr. Peabody lige pludselig nødt til at redde dagen og fremtiden før det er for sent!